Sbírka grafiky vznikla sloučením řady významných souborů grafiky v Čechách ze státních i soukromých sbírek. Je zaměřena na přehled a vývoj grafiky od vzácných šrotových tisků 15. století až po současné výtvarné projevy. Obsahuje velké autorské soubory, z nichž nejcennější je sbírka Hollareum, věnovaná dílu V. Hollara, německá grafika je zastoupena díly L. Cranacha, A. Dürera, flámskou grafiku reprezentují díla P.P. Rubense, L. van Leydena i lepty Rembrandtovy. Pozoruhodná je kolekce francouzské grafiky 19. a 20. století i česká moderní grafika zastoupená díly V. Preissiga, M. Švabinského, F. Kupky, A. Muchy a dalších. Sbírka kresby shromažďuje práce na papíru od středověkých kreseb a miniatur až k současnosti. K nejvýznamnějším patří soubor italských kreseb, soubor kreseb rudolfinského období, významnou skupinu tvoří i kolekce vedut V. Hollara. Fond kresby 19. a 20. století spravuje téměř 70.000 kreseb, např. díla rodiny Mánesů, A. Chittussiho, M. Alše, stěžejní kresby F. Bílka, E. Filly, M. Švabinského, návrhy a studie A. Muchy, dále soubory kreseb autorů českého expresionismu, symbolismu a kubismu. Nedílnou součástí sbírky jsou i zisky prací na papíru současných umělců.
